سرعان ما أدرك الرهبان أنه لن يكون لهذه الأماكن أي قيمة بمعزل عن "الحجارة الحيّة"، أي المسيحيين المحليين أنفسهم. وهكذا، تزامنت مع نشأة المزارات المقدسة، ولادة الرعايا والمدارس التابعة لها. لهذا السبب، عمل الفرنسيسكان خلال النصف الأول من القرن السادس عشر، وتحديداً في عام 1518، على افتتاح مدارسهم الأولى في الأرض المقدسة، أولاً في بيت لحم، ثم في القدس؛ وفي القرن الذي تلاه، افتتحت مدرسة أخرى في الناصرة.

     هذه المدارس المتواضعة، التي دُعِيَت "بالمدارس الرعوية"، كانت تُدرَّس، الى جانب المواد الأساسية ومبادئ التعليم الديني، العديد من اللغات، وبالأخص الايطالية والفرنسية، ومن ثم التركية والإنجليزية، إضافة الى اللغة العربية استجابة لحاجات اجتماعية - تربوية.